异构化乳糖作为益生元，能完整的到达结肠，其作用机理如下：
1）增殖肠道内的双歧杆菌等益生菌，抑制腐败菌，发挥益生作用；
2）被益生菌发酵产生的短链脂肪酸降低肠道的pH值，提高肠内渗透压，使大便充分吸收水分而变软，同时促进肠道蠕动，使大便顺利排出，达到预防、缓解和治疗便秘的效果；
3）肠道的pH值降低，使结肠中的氨（NH₃）进一步转化为铵盐（NH4+），随着尿液和粪便排出体外，发挥缓解和治疗肝性脑病的功效。
异构化乳糖作为益生元，在肠道中可起到免疫调节的作用，其作用机理如下：
1）肠道不仅是消化吸收的器官，还是人体最大的免疫器官。人体70%的免疫细胞分布在肠壁下层中，将它们分为3个军团：第1军团、第2军团、第3军团：
2）如果肠道微生态紊乱，有益菌比例会下降，有害菌比例升高，肠壁细胞分泌黏液能力下降，黏液层变薄，肠壁细胞间隙变大，有害菌进入细胞内，引起感染。肠壁下层免疫细胞会攻击这些有害物质：
3）调节肠道微生态平衡，可食用富含益生元（益生菌的食物)如异构化乳糖或益生菌如双歧杆菌或乳杆菌等食物。促进有益菌生长，与有害菌进行营养和占位竞争，达到调节肠道菌群平衡的作用：
